Dezesseis centros de pesquisa da Embrapa fazem parte da Rede BioFORT, são eles:
- Embrapa Agroindústria de Alimentos
- Embrapa Arroz e Feijão
- Embrapa Cocais
- Embrapa Hortaliças
- Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical
- Embrapa Meio-Norte
- Embrapa Milho e Sorgo
- Embrapa Semiárido
- Embrapa Tabuleiros Costeiros
- Embrapa Trigo
- Embrapa Transferência de Tecnologia
- Embrapa Cerrados
- Embrapa Clima Temperado
- Embrapa Pantanal
- Embrapa Amazônia Oriental
- Embrapa Produtos e Mercados
Também integram essa aliança, quatro unidades centrais da Embrapa Sede, em Brasília, são elas:
- Departamento de Transferência de Tecnologia
- Secretaria de Comunicação da Embrapa
- Secretaria de Negócios da Embrapa
- Secretaria de Relações Internacionais da Embrapa