O uso de material próprio de propagação, multiplicado pelo produtor a partir de sementes certificadas é permitido pela legislação. Entretanto, para que sejam mantidas as características originais, é preciso que sejam seguidas regras específicas para cada espécie, o que pode ser difícil no caso de pequenos agricultores, como isolamento geográfico ou época de produção. Dessa forma, mesmo que o produtor guarde parte de sua produção para uso no plantio na safra seguinte, recomenda-se que sejam adquiridas sementes e mudas certificadas periodicamente. O período para renovação desse estoque depende da espécie e das condições de cultivo nas áreas de produção. Para materiais de propagação vegetativa, como mandioca e batata-doce, a questão fitossanitária é a mais relevante e especial atenção deve ser dada para que a produtividade do material não seja perdida ao longo de sucessivas multiplicações sem renovação do material de propagação. No caso de milho, espécie de polinização aberta, a proximidade geográfica e temporal com outras cultivares irá propagar características genéticas de outras espécies à produção, inviabilizando seu uso como semente na safra seguinte.